Le 1er décembre 2009, Nkezabera, aujourd'hui âgé de 57 ans, a été condamné à 30 ans de prison par la Cour d'assises de Bruxelles.
Suite à son mauvais état de santé, la cour n'a pas ordonné son incarcération. Souffrant d'un cancer généralisé, l'ancien banquier et dirigeant des milices Interahamwe n'avait pu assister à son procès, qui s'est déroulé du 9 novembre au 1er décembre 2009.
Selon la loi belge, il avait dès lors le droit de s'opposer à ce jugement dans les 15 jours suivant sa notification. Si l'opposition est acceptée, un nouveau procès sera organisé.
Le jury de la cour d'assises l'a reconnu coupable d'avoir armé et financé les Interahamwe, principaux bras armés du génocide, d'avoir supervisé des tueries sur des barrières à Kigali ainsi que d'avoir financé la Radio Télévision des mille collines (RTLM), qui incitait à l'élimination des Tutsis. Il a également été reconnu coupable de viols qualifiés de crimes de guerre, une première en Belgique. Lors de l'instruction, il avait avoué une partie des faits qui lui étaient reprochés.
Nkezabera avait été arrêté à Bruxelles en 2004 à la suite d'un accord avec le Tribunal pénal international pour le Rwanda (TPIR), avec qui il collaborait, bénéficiant du statut de « témoin protégé ».
Son procès était le quatrième (après ceux de 2001, 2005 et 2007) en lien avec le génocide des Tutsis du Rwanda tenu par la Belgique, en vertu d'une loi dite de « compétence universelle ».
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