Le 30 avril 1997, des rebelles du CNDD-FDD, aujourdhui au pouvoir à Bujumbura, avaient fait irruption dans ce séminaire et tué 41 élèves qui se trouvaient dans leurs dortoirs. Ils avaient demandé aux séminaristes de se séparer sur base ethnique voulant tuer les seuls tutsi mais devant leur refus ils avaient fusillé tout le monde. Les corps de ces "martyrs de la fraternité" avaient été enterrés dans l'enceinte de l'école. Depuis, les séminaristes, les amis et les familles des victimes se rappellent de cette date en se recueillant devant les tombes des disparus dans les enceintes de l’école.
A l’occasion de la commémoration de ce 11ème anniversaire, l’ancien Recteur du petit séminaire de Buta lui même rescapé, l'abbé Zacharie Bukuru, a regretté l’indifférence de la justice burundaise malgré la plainte de l’école. « On a porté plainte depuis longtemps, mais la justice ne bouge pas, il n’y a pas eu de suite » a-t-il dit. « Il est important que les auteurs de ce crime soient jugés et punis. Il faut qu’ils reconnaissent leur sale besogne (…) », a ajouté l’ex Recteur de l’école. « Si il n’y a pas de justice, il n’y aura pas la paix, c’est clair. (...) Sans la paix, la pauvreté va nous enfoncer davantage, et le Burundi ne sortira jamais de l’auberge sans la vraie justice » a-t-il ajouté. Enfin, l'abbé Bukuru a appelé les burundais à exiger la justice en leur qualité de parents et d’éducateurs. « En tant que parent, éducateur, les burundais devraient se remettre à la raison pour chercher la paix en exigeant la justice. La justice n’a pas encore fonctionné dans notre pays » a-t-il conclu.
A l’époque des faits, le porte-parole de ce mouvement armé aujourd’hui au pouvoir, Jérôme Ndiho, avait revendiqué cette attaque sur une station internationale, mais avait affirmé qu'ils avaient tué des étudiants qui effectuaient leur service militaire obligatoire.
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