Cette arrestation a été saluée par Kigali et par le Collectif des parties civiles pour le Rwanda (CPCR), une organisation française qui avait déposé plainte contre lui alors qu'il réside en France depuis 2003 avec un statut de réfugié.
Mbarushimana qui était employé par le Programme des Nations Unies pour le développement (PNUD) à Kigali lors du génocide a également travaillé pour les Nations Unies au Kosovo et en Angola. Il avait fait l'objet d'une enquête de la part du Tribunal pénal international pour le Rwanda, qui l'avait abandonné en septembre 2002.
Selon l'AFP, le ministre rwandais de la justice, M. Tharcisse Karugarama, a estimé que cette arrestation était un « point très positif » et un « signal pour les autres fugitifs ». « Cet homme utilisait sa position privilégiée pour échapper à la justice et propager l'idéologie du génocide » a dit le ministre cité l'AFP
Le Collectif des parties civiles pour le Rwanda a pour sa part accusé Mbarushimana d'avoir provoqué la mort de plusieurs de ses collègues du PNUD à Kigali pendant le génocide. « Il avait été vu à plusieurs autres endroits de Kigali au moment ou des crimes de masse étaient commis » selon le CPCR.
Mbarushimana a été arrêté alors qu'il était en transit à l'aéroport de Francfort et s'apprêtait à repartir pour la Russie. L'Allemagne détient déjà un autre présumé génocidaire Augustin Ngirabatware, ancien ministre du Plan, arrêté le 17 septembre 2007 sur un mandat d'arrêt lancé par le TPIR.
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