La Commission se prononce aussi sur la mort de Mouammar Kadhafi et les attaques de l'Otan. A plusieurs reprises, le procureur de la Cour pénale internationale (CPI) a indiqué qu'il attendrait les conclusions de cette commission avant d'arrêter sa stratégie d'enquête sur ces deux points. Après une visite en Libye, prévue en avril, Luis Moreno Ocampo annoncera ses intentions devant le Conseil de sécurité des Nations unies, en mai prochain.
Concernant la mort de Mouammar Kadhafi, le 20 octobre 2011, près de sa ville natale de Syrte, la Commission n'a pas été en mesure de conclure s'il s'agissait d'un meurtre, mais considère qu' « une enquête supplémentaire est nécessaire ». Elle précise que les corps de Mouammar Kadhafi et de son fils, Moutassim Kadhafi, tué quelques heures plus tard, ont été exposés au public pendant cinq jours et que cela pourrait constituer une grave violation du droit international coutumier.
La Commission, présidée par l'ex-président de la CPI, Philippe Kirsch, a par ailleurs passé au crible vingt raids aériens, parmi les 17 939 sorties effectuées par les avions de l'Otan. Cinq de ces raids se sont soldés par la mort de 60 civils et 55 blessés, et des destructions ont été enregistrées « là où aucune cible militaire n'a pu être identifiée ».
Selon les rapporteurs, « l'Otan n'a pas visé délibérément les civils libyens » et « a pris de grandes précautions pour s'assurer que les civils ne seraient pas tués ». Néanmoins, dans certains cas, la Commission n'a pas été en mesure de dire si les attaques ont été lancées conformément aux précautions prises par l'Otan pour éviter la mort de civils.
Interrogé par la Commission d'enquête, l'Otan a rappelé qu'elle n'avait aucune obligation de partager ses informations. Dans un courrier signé du conseiller juridique de l'Otan, Peter Olson, le 15 février 2012, et figurant en annexe du rapport, l'organisation souligne ses inquiétudes. Peter Olson écrit que la Commission a pour mandat « de faire des recommandations dans un cadre spécifique : s'assurer que ceux qui ont commis des crimes et violé le droit international en soient redevables - un cas de figure qui, nous pensons que c'est clair, n'inclut pas l'Otan ».
Enfin, les rapporteurs estiment que la Libye n'est pas en mesure aujourd'hui de poursuivre les auteurs de crimes. « Le système judiciaire manque actuellement d'enquêteurs, d'experts médico-légaux, d'officiers de police et d'autres responsables formés », notent-ils.
La Commission reproche par ailleurs à la Libye de ne pas poursuivre les thuwar de Misrata qui se sont rendus coupables de crimes.
Saisie par le Conseil de sécurité des Nations unies le 26 févier 2011, la Cour pénale internationale n'a elle même engagé aucune procédure contre des ex-rebelles libyens.
Fin juin, le procureur avait en revanche émis trois mandats d'arrêt dont l'un à l'encontre de Saïf Al-Islam Kadhafi, arrêté fin novembre 2011 et détenu dans le sud du pays. La Libye a demandé aux juges de suspendre le mandat d'arrêt émis contre lui, assurant vouloir le juger sur son sol. Pour l'instant, les juges de la Cour n'ont pas répondu à cette requête.
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